《黑衣人3》上映之后其實沒有掀起波瀾，原因也很簡單，這個IP的時效性沒有被及時利用。第一部《黑衣人》是1997年上映，第二部于2002年上映，第三部則是拖到了2012年，前兩部間隔的時長其實還好，但是到了第三部卻比第一部和第二部相差10多年，熱度早就被沖淡了。
而且《黑衣人3》涉及到了穿越時空，這也意味著稍有不慎就會造成邏輯硬傷以及有悖時空理論。顯然，《黑衣人3》就是踩到了這個雷區，所以對第三部吐槽的網友比比皆是。所以第三部的口碑也不怎樣。
另外在一些劇情和角色的設定上，都顯得比較薄弱，沒有什么新意，這也造成了觀眾的審美疲勞。如果這些內容是放在1997年的第一部中，那肯定就是大爆，可惜第三部上映的時候已經是2012年了，見多識廣的網友也多，一些小改變還是滿足不了他們的胃口。