《X戰警：黑鳳凰》故事發生在《X戰警：天啟》之后，《金剛狼3殊死一戰》之前。《X戰警天啟》中鳳凰女力量覺醒，萬磁王和X教授再次因為鳳凰女的問題發生分歧。
《X戰警：黑鳳凰》中鳳凰女黑化給人類帶去幾乎滅頂的災難，人類決定徹底消滅變種人，將扼殺變種基因的食物廣泛應用，變種人逐漸沒落，演變成《金剛狼3殊死一戰》和番外《天賦異稟》系列。
鳳凰女黑化雖然不是自愿的，但鳳凰女之所以黑化是因為體內力量太過強大被潛藏的敵人選中，而鳳凰女又不會控制體內的鳳凰之力，所以原本的意識才會被吞噬被人控制。
鳳凰女的黑化不僅讓X戰警分崩離析，也讓全人類遭遇滅頂之災，變相加劇了人類和變種人的矛盾，由一開始的和平共處演變成你死我亡。