自從方舟子回國后，他一心撲到了“打假”的事業上，因此還被網友稱為“打假斗士”。起初的時候，方舟子深受大家的認可，得到了眾多人的支持，但隨著時間的消逝，有不少網友認為方舟子欺瞞大眾，于是網上有很多關于方舟子的負面消息。
隨之，方舟子逐漸淡出大家的視野，直到后來，方舟子離開中國回到美國發展。曾有網友表示方舟子得罪了太多人，再加上他還涉嫌詐騙、洗錢等消息，其妻子也抄襲論文，在被質疑的時候，方舟子本人從未反駁，所以方舟子在國內待不下去了，只能遠走美國。
現在的方舟子很少出現在大眾面前，因為他已經失去大家對他的信任，不過方舟子偶爾還會在個人社交平臺上發表言論，但關注他的人非常少。