關于幕后真兇的身份，其實大家猜測過很多人，其實最后的矛頭指向的是賀知章，只是不知道為何被改了，而唯一的解釋就是馬伯庸一開始設置的幕后黑手就是賀知章，賀知章是有動機的，他對太子很忠誠，所以為了太子的利益他導了一出大戲，就是想把太子送上皇位，還能幫太子消除障礙。
對小說印象深刻的網友應該知道，徐賓死的時候，在墻上扣了“四日”兩個字，用來標識兇手，其實他想撓的是四明，因為賀知章別名四明狂客。
所以網友在看到長安十二時辰的結局之后，大多數都認為原來的結局可能是為了過審，才被砍掉重來。而理由，大概是因為抹黑知名歷史人物的原因。
雖然當真相被揭開，兇手是賀東讓人有些失望，但是這都不重要，因為這部小說的精彩之處并不只在于尋找幕后兇手。