在使用美妝蛋時會發現半濕的美妝蛋是最容易上妝的，但是比較容易吸粉。用過之后的美妝蛋上布滿了粉底液與化妝品。此時如果不及時的清理干凈，美妝蛋上殘留的化妝品就會滋生很多細菌，久而久之就會對皮膚造成傷害。所以每次用完美妝蛋后都要用卸妝水來進行清洗。
用普通的水是清洗不干凈的，因為化妝品中都是含有油脂及化學物品的，而清水是無法清除這些油脂的。可以用清洗劑或者卸妝水來清洗美妝蛋，最后再用清水沖洗干凈就可以了。美妝蛋在清洗干凈之后要擠干含有的水分，然后放在陰涼的地方自然風干。特別注意的是，不要放在陽光下暴曬，經過暴曬的美妝蛋是會發生變形的。
美妝蛋質地松軟，因此用起來非常舒服，但是也因為這樣的優點，導致它會吸收大量的物質容易滋生細菌。有的美妝蛋雖然外表看起來清新干凈，其實內部已經發霉了。所以美妝蛋在用過三個月之后就應該更換。