《將軍在上》是一部古代愛情電視劇。它的歷史背景是宋朝宋仁宗年間。劇中的主要人物是葉昭與趙玉瑾，一個是威風八面的冷面女將軍，一個是面貌俊美、性格軟弱的廢柴王爺。他們之間卻產生了一段錯位的愛情與婚姻。
葉昭雖然是女兒身，但是為了代父從征，從小就女扮男裝學習殺敵打仗的本領。終于在16歲的時候，葉昭被委以重任披掛上陣，在沙場上殺敵無數，帶領葉家兵立下了赫赫戰功。皇上龍顏大悅，封她為天下兵馬大將軍。葉昭向皇上表明自己是女兒身的身份。劉太后為了制衡葉家的兵勢就將葉昭許配給了自己的親侄子南平郡王趙玉瑾。
于是冷面女將軍就與廢柴俏王爺展開了一段斗智斗勇的婚姻大戰。趙玉瑾一心想要休妻，卻在生活中處處受到葉昭的壓迫，甚至連圓房也是葉昭說了算。再加上趙玉瑾本就體質虛弱、性格軟弱，根本無法與威風八面的葉昭相抗衡。為了緩和矛盾，葉昭用了緩兵之計，簽下了和離書，但是日期是三年之后。經過一段時間的相處，趙玉瑾已經慢慢習慣了葉昭的存在。
當葉昭再次披掛上陣的時候，由于腹痛難忍，錯過了射死伊諾王子的機會。葉昭經過軍醫的檢查才得知自己懷孕了。如果不是趙玉瑾及時阻止，葉昭可能就打掉孩子了。