風起長林是發生在《瑯琊榜1》后面的故事，主要是以蕭景瑜遺腹子蕭庭生展開線索。蕭庭生被梅長蘇救出掖幽庭后，一直被蕭景琰收養，后來被封為長林軍主帥，膝下有兩子，長子蕭平章并非親生，但是卻被封為副帥，一直守衛大梁邊境和長林府上下。大梁表面上看似乎還算平靜，事實上早已風起云涌，背后有一干人都想要算計。
劇中一開始看到蕭元啟似乎溫文爾雅，不像是宵小之輩。但是從萊陽夫人死后，蕭元啟就開始了黑化。蕭元啟的父親是萊陽王，自己也是皇子，而一直不受重視，而且他的真正身份也很隱秘。蕭元啟一心想要擠掉太子，自己將來可以繼承皇位，這個舉動也受到了自己的舅舅——東海墨淄侯的幫助。墨淄侯是瑯琊榜排名第一的高手，有他的幫助，蕭元啟更是錦上添花，兩人狼狽為奸開始一心想要推翻梁國。
而另一方面荀皇后被別人利用，也一直在推動事態的發展。濮陽纓表面上看似在為荀皇后做事，事實上只是利用，他真正的目的是想要推翻大梁國，報滅國之仇。風起長林整個故事就是這樣展開的，長林軍一直在和這幫人做斗爭，保護大梁國。