有一天，波妞偷偷跑出去玩，結果頭卡在了玻璃罐中，然后被宗介救下了。宗介還把波妞帶到了老人院里面，老人們看到波妞的時候，都很開心，但是有一個奶奶卻覺得波妞是不祥之物，結果波妞聽到了，很生氣，直接對奶奶噴水。宗介趕緊把波妞帶走，而此時波妞的父親找到了波妞，把波妞帶走。
離開了宗介的波妞，每天都悶悶不樂，離開了波妞的宗介，一樣也不開心，但日子依舊還是得過。這時候，波妞的身體忽然發生了變化，原來波妞曾經舔過宗介的血，所以她開始慢慢變成了人類，這讓父親嚇壞了，趕緊把波妞關起來，但是他知道只能夠關她一時，得把波妞的母親叫回來。
而波妞在弟弟妹妹的喚醒下，沖破了束縛，但是她要去到陸地得經過萬千波濤，她不畏艱險，跟海浪周旋，最后還是成功上岸。而在車里的宗介發現了一個小紅點，這時候他意識到，這個小紅點就是波妞啊。兩人最后相擁在一起。