美妝蛋頻繁接觸皮膚和化妝品，很多時候化一次妝，美妝蛋會接觸多種化妝品，反復在臉上涂抹，導致美妝蛋上有大量化妝品殘余和油脂，極易滋生細菌。
每天使用美妝蛋的話，一般三天左右就要清洗一次，可以用洗面奶直接擠到美妝蛋上揉搓，因為洗面奶主要作用就是清潔油脂和化妝品殘留物的，清洗美妝蛋更安全方便。
也可以用專門的清潔皂，將美妝蛋在清潔皂上反復揉搓至起泡，然后將美妝蛋放到手里反復揉搓，讓泡沫深層清潔美妝蛋內部，最后用水沖洗干凈即可。
即使頻繁清洗美妝蛋，美妝蛋也是要三個月更換一次的，尤其是頻繁使用的美妝蛋，以確保美妝蛋的安全。因為美妝蛋內部很容易發霉，人的肉眼無法看到美妝蛋內部的樣子。
長期使用發霉的美妝蛋會導致皮膚長痘或引起炎癥，美妝蛋平時放置和清洗后晾曬一定要選陰涼干燥的地方。