清洗美妝蛋很簡單，可以直接用洗面奶清洗，將美妝蛋完全浸濕，把日常洗面奶擠到美妝蛋上，用手使勁揉搓就可以了，最后用水清洗干凈，確保美妝蛋擠出來的水是清澈的。
也可以用美妝蛋在專門清洗的肥皂上來回蹭，美妝蛋表面變順滑后用手擠壓美妝蛋，讓泡沫反復清潔美妝蛋大約三分鐘左右，然后用大量清水沖洗就可以了，最后放到陰涼通風的地方曬干，注意不能放到太陽下暴曬，否則美妝蛋就不能繼續使用了。
如果有條件也可以購買專業清洗美妝蛋的小洗衣機，不過要確保能沖洗干凈。美妝蛋一般三天左右就要清洗一次，最好多準備幾顆美妝蛋更換使用。
通常情況下，美妝蛋三個月就要更換一次，平時要放在陰涼干燥的地方，否則很容易發霉，而且美妝蛋發霉都是自內向外，平時很難發現，細菌接觸面部會導致起痘。