另外一方面，柯南也有著自己的想法和顧慮，擔心高木警官或者是卡邁爾沒有保守住秘密，不小心泄露出去；就連最親密的搭檔赤井秀一，柯南也有所保留并沒有讓其知曉。不過后來赤井偷聽到柯南講電話才發現了柯南的真實身份。
隱瞞自己身份的根本原因其實是黑衣組織勢力太強大，黑衣組織的一貫作風是殺人滅口，不留痕跡的殺人，勢力十分廣泛，而且擁有特別多臥底。組織崇尚的是來無影去無蹤，完成犯罪也不暴露組織的存在，所以真正知道組織存在的人其實很少。十分可怕，柯南必須隱姓埋名來繼續查案。
在敵暗我明的情況下，在還沒有探清組織臥底究竟有誰之前，柯南公布身份無異于把自己當活靶，隨時隨地可能會有危險。因此只要黑衣組織還存在這，柯南就要隱瞞好自己的身份。