眾所周知佐助有一個輪回眼，他這個輪回眼和斑的輪回眼不同，因為他的輪回眼是六勾玉輪回眼，等級比斑的輪回眼還要高，不僅能夠自由穿梭時空，還能夠看清楚大筒木的一舉一動。而佐助后來也開啟了輪回眼，那么是他自己開啟的，還是六道仙人贈予他的呢？
首先從斑的口中得知佐助是在移植了柱間的細胞后，瀕臨死亡之際才開啟輪回眼的。佐助之所以能夠撐到將輪回眼交給長門，并和帶土見面交代后事，完全是因為柱間細胞所給予的能力。開啟輪回眼的方法其實很簡單，將因陀羅和阿修羅的力量融合后引出六道之力，在獲得新的瞳術輪回眼之后便可以覆蓋掉原來的寫輪眼。寫輪眼和輪回眼是彼此獨立的，想要使用相應力量之時，只要互相切換即可。
但佐助開啟輪回眼的步驟則比較復雜。佐助先是獲得一部分柱間的力量，后被斑秒殺了。而后已經被鼬洗白的兜為了救佐助，便用自己掌握的柱間細胞修復和重組了佐助的傷口，也正是這樣佐助的身體才可以恢復、靈魂才得以回歸。再之后六道仙人賜予佐助一半六道之力，從此佐助便成功開啟了輪回眼。