《動物管理局》是一部都市奇幻喜劇。該劇劇本另辟蹊徑、堅持內容原創，延續了《二代妖精》故事中“妖”與人共存的奇妙世界觀。《動物管理局》的故事主要講述了獸醫郝運因為一場貓咪配種事故，而意外發現有“妖怪”存在于這個世界上，郝運從此進入動物管理局，并開啟了一個巨大而神秘的都市精靈世界。
性格慫萌又精于人情世故的"獸醫"郝運開了一家私人動物診所，可卻因為貓咪配種事故，意外發現這個世界上竟然有轉化者的存在。之后郝運被動物管理局帶走，動物管理局用盡各種方法都無法將郝運的記憶洗掉，于是只能迫使郝運加入動物管理局，成為管理局的一名探員。
郝運的生活從此發生了天翻地覆的變化，他發現自己的身邊到處都是轉化者。而發生的一樁樁動物案件也讓郝運意識到，轉化者的世界其實也不外乎柴米油鹽、悲歡離合，和普通人類沒有多大差別。于是精于人情世故的郝運和戰斗力超強的動物管理局金牌探員吳愛愛組成了搭檔，他們從水火不容變成了干柴烈火，并攜手偵破案件、維護人與“妖”的和平。